1. Dalam menangani sengketa kewenangan mengadili dalam perkara perdata berpedoman pada Surat Edaran Mahkamah Agung RI No. 1 Tahun 1996 sebagai berikut :
   1. Sengketa tentang kewenangan mengadili terjadi jika :
      1. Dua Pengadilan atau lebih menyatakan berwenang untuk mengadili perkara yang sama, atau
      2. Dua Pengadilan atau lebih menyatakan tidak berwenang untuk mengadili perkara yang sama.
   2. Mahkamah Agung memutus pada tingkat pertama dan terakhir semua sengketa tentang kewenangan mengadili :
      1. Antara Pengadilan Agama / Mahkamah Syar'iyah dengan lingkurang peradilan yang lain.
      2. Antara Pengadilan Agama / Mahkamah Syar'iyah yang berbeda wilayah hukum Pengadilan Tinggi Agamanya.
      3. Antara Pengadilan Tinggi Agama / Mahkamah Syar'iyah Aceh dengan Pengadilan Tinggi Agama yang lain atau antara Pengadilan Tinggi Agama / Mahkamah Syar'iyah Aceh dengan Pengadilan Tingkat Banding dari lingkungan peradilan yang lain.
   3. Dalam hal terjadi sengketa kewenangan mengadili antara dua Pengadilan atau lebih yang menyatakan berwenang mengadili perkara yang sama :
      1. Pihak berperkara, atau dalam hal tidak diajukan oleh pihak berperkara, Ketua Pengadilan karena jabatannya mengajukan permohonan secara tertulis kepada Mahkamah Agung untuk memeriksa dan memutus sengketa kewenangan mengadili;
      2. Apabila permohonan untuk memeriksa dan memutus sengketa kewenangan mengadili telah diajukan oleh pihak berperkara, atau diajukan oleh Ketua Pengadilan karena jabatannya, maka Pengadilan harus menunda pemeriksaan perkaranya tersebut yang dituangkan dalam bentuk "PENETAPAN", sampai sengketa kewenangan tersebut diputus oleh Mahkamah Agung;
      3. Pengadilan yang telah menunda pemeriksaan karena adanya sengketa kewenangan mengadili, harus mengirimkan salianan "PENETAPAN" penundaan tersebut kepada Pengadilan lain yang mengadili perkara yang sama;
      4. Pengadilan lain yang menerima salinan "PENETAPAN" penundaan tersebut, harus menunda pemeriksaan perkara dimaksud sampai sengketa kewenangan mengadili tersebut diputus oleh Mahkamah Agung;
   4. Apabila terjadi sengketa kewenangan mengadili antara dua Pengadilan atau lebih yang menyatakan tidak berwenang mengadili perkara yang sama, maka pihak berperkara dapat mengajukan permohonan secara tertulis untuk memeriksa dan memutus sengketa kewenangan mengadili kepada Mahkamah Agung melalui Ketua Pengadilan Tingkat Pertama.
   5. Permohonan sengketa kewenangan mengadili yang diajukan oleh pihak berperkara, dikenakan biaya yang besarnya ditaksir oleh Ketua Pengadilan Agama / Mahkamah Syar'iyah. termasuk di dalamnya untuk biaya pemeriksaan di Mahkamah Agung.
   6. Permohonan sengketa kewenangan mengadili yang diajukan oleh Ketua Pengadilan tidak dikenakan biaya.
2. Proses pengajuan permohonan sengketa kewenangan mengadili yang diajukan oleh pihak berperkara harus memenuhi syarat sebagai berikut :
   1. Pemohon membayar biaya perkara sengketa kewenangan mengadili sejumlah biaya perkara kasasi yang berlaku dan dikirim melalui rekening biaya perkara Mahkamah Agung.
   2. Pengadilan Agama/ Mahkamah Syar'iyah membuat akta permohonan sengketa kewenangan mengadili dan mendaftarkannya dalam register permohonan sengketa kewenangan mengadili.
   3. Pemohon harus membuat alasan permohonan sengketa kewenangan mengadili dalam jangka waktu 14 hari sejak tanggal pembuatan akta permohonan sengketa kewenangan.
   4. Pengadilan Agama/ Mahkamah Syar'iyah menghentikan pemeriksaan perkara tersebut dengan putusan sela setelah menerima permohonan sengketa kewenangan mengadili dari pihak berperkara.
   5. Pengadilan Agama/ Mahkamah Syar'iyah mengirimkan berkas perkara sengketa kewenangan mengadili ke Mahkamah Agung yang terdiri dari :
      1. Akta permohonan sengketa kewenangan mengadili dan alasan-alasannya.
      2. Surat pemberitahuan akta permohonan sengketa kewenangan mengadili dan alasannya kepada badan peradilan lainnya yang terkait.
      3. Berkas perkara (Bundel A) Pengadilan Agama/ Mahkamah Syar'iyah.
      4. Bukti pengiriman biaya perkara sengketa kewenangan mengadili.
   6. Pihak lawan berhak mengajukan jawaban disertai pendapat dan alasan-alasannya dalam tenggang waktu 30 (tiga puluh) hari setelah menerima salinan permohonan sengketa kewenangan mengadili melalui Pengadilan Agama/ Mahkamah Syar'iyah.
   7. Pengadilan Agama/ Mahkamah Syar'iyah mengirimkan jawaban serta alasan-alasan permohonan sengketa kewenangan mengadili ke Mahkamah Agung.
3. Jika permohonan sengketa kewenangan mengadili diajukan oleh Pengadilan Agama/ Mahkamah Syar'iyah, maka Pengadilan Agama/ Mahkamah Syari'iyah harus melakukan hal-hal sebagai berikut :
   1. Membuat akta permohonan sengketa kewenangan mengadili disertai alasan-alasannya, selanjutnya mengirimkan salinan akta permohonan tersebut kepada lingkungan pengadilan lain yang terkait sebagai pemberitahuan.
   2. Mengirimkan berkas perkara permohonan sengketa kewenangan mengadili kepada Mahkamah Agung, berisi :
      1. Akta dan alasan permohonan sengketa kewenangan mengadili.
      2. Surat pemberitahuan adanya sengketa kewenangan mengadili dan alasannya kepada badan peradilan lainnya yang terkait.
      3.  Berkas perkara (Bundel A) Pengadilan Agama / Mahkamah Syar'iyah.

Referensi 

• Pedoman Teknis Administrasi Dan Teknis Peradilan Tata Usaha Negara Edisi 2008